Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.
Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá
Một ngư dân trẻ nhưng kinh nghiệm tên Musashi Kazama và hai người bạn của mình đi du lịch khắp thế giới để tìm kiếm bảy đối tượng bí ẩn của sức mạnh tuyệt vời gọi là “Legenders”, mỗi một trong các hình thức của một con cá huyển thoại được biết đến cho tất cả mọi người bắt họ sức mạnh để thay đổi thế giới.
Touya Mochizuki đã bị giết oan, và như một lời xin lỗi, Thiên Chúa đã cho phép cậu ta được tái sinh trong một thế giới tưởng tượng và sẽ cho anh ta một ước muốn Và thế là, Touya chọn giữ lại điện thoại của mình trong thế giới kế tiếp. Trong cơ hội thứ hai của cuộc đời, cậu đã kết bạn với nhiều nhân vật quan trọng và đi qua bí mật của thế giới.
A direct continuation of Shikabane Hime: Aka, taking place six months after Tagami Keiseis death at the hands of the Shichisei (Seven Stars), a group of elite Shikabane who act on more than just regrets. As per Keiseis dying wish, Kagami Ouri formed a temporary contract with Makina to save her from degenerating into a Shikabane.