Bối cảnh câu chuyện diễn ra trong một thế giới gothic fantasy, kể về Teito Klein. Một nô lệ mồ côi, người đã trở thành học viên xuất sắc nhất của Học viện Quân đội. Tuy nhiên, một sự kiện bất ngờ đã làm cho cậu bị rượt đuổi bởi lực lượng của Đế quốc Barsburg. Để thoát bị kết án, nhà thờ đã che chở cho Teito dựa vào luật lệ dành cho nơi tôn nghiêm.
Câu chuyện xoay quanh Makoto Majima, con trai của một người bán hoa quả địa phương, được biết đến với biệt danh “Người gỡ rối của Ikebukuro.” Anh giúp mọi người, từ bạn bè đến những người khó khăn trên đường phố địa phương trong việc giải quyết các sự cố khác nhau.
Yami shibai là bộ phim được dựng lên từ những câu chuyên ma thường ngày hay những truyền thuyết thành thị, với nội dung ngắn gọn nhưng đem cho người xem cảm giác ám ảnh kéo dài.
Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume lại trải qua những ngày tháng đầy rắc rối của mình. Nhưng mỗi một yêu quái cậu gặp là mỗi một cảnh đời, mỗi một niềm vui nỗi buồn khác nhau. Giúp đỡ hay phản bội, chia ly hay hội ngộ, tất cả đều trải qua rất nhanh khiến Natsume càng cảm thấy sợ sự cô đơn, nhưng Madara đã nói “Cuộc sống của con người ngắn ngủi đến đáng sợ, nhưng ta sẽ cùng cậu trải qua sự ngắn ngủi ấy”
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.