Trong phim Huyền Môn Đại Sư: 3000 năm trước, Chiến thần Dương Tiễn tiên đoán nhân gian sẽ gặp đại nạn diệt vong, chỉ có vấn đạo giả mang theo thánh giáp nguyên thủy hợp nhất mới có thể giải cứu nhân gian.
câu chuyện xảy ra tại một phòng khám bệnh thần bí trong con hẻm nhỏ ở thành phố hiện đại. Bác sĩ chính Bạch Khởi (do Bạch Vũ đóng) giúp đỡ linh vật tháo gỡ chấp niệm, trùng hợp quen biết và ngoài ý muốn "sống chung" với Lâm Hạ (do Trịnh Tưu Hoằng đóng), chuyện xưa ngàn năm trước cũng theo đó mà tái hiện.
Thuận Đức tiên cơ / Thuận Đức công chúa (Quách Hiểu Đình) bắt được một giao nhân (Nhậm Gia Luân), liền mang tới Vạn Hoa Cốc để tìm người thuần hóa. Nàng muốn ba điều, một là giao nhân mở miệng nói tiếng người, hai là giao nhân bỏ đuôi cá, không về biển cả nữa, ba là giao nhân phải hiến châu, thề không phản bội.
Nữ bác sĩ Kỷ Tiêm Vân một lòng theo đuổi tự do nhưng vô tình bị quyền mưu tính toán thay tỷ tỷ xuất giá, trở thành vương phi bồi táng. Vì cứu lấy mình, cô ấy vận dụng toàn bộ kiến thức y học của mình để cứu lấy hoàng tử mang thai nhưng lại bị cuốn vào phân tranh triều đình
Bên cạnh Gu Chaiqi, câu chuyện còn tập trung vào Yuanxiu - đứa con trai cả của Thung lũng Qianji, cùng với những thanh niên và cô gái trẻ tuổi đầy nhiệt huyết trong giới võ thuật.