Tên ác quỷ Maltazard với mưu đồ biến thành người thật, giờ đây đang tạo một đạo quân khủng khiếp nhằm thống trị thế giới. Hắn lừa Arthur vào thế giới của người tí hon. Để ngăn chặn âm mưu của Maltazard, Arthur phải nhờ đến sự giúp đỡ của những người bạn Selenia, Betameche. Arthuer buộc phải trở lại hình dáng con người trước khi quá muộn.
Những cư dân ở đây tin rằng thế giới của họ là thiên đường. Dưới sự quản lý của Sanctum, Cocoon đã có nền hòa bình và thịnh vượng một thời gian dài. Nhân loại được những người bảo vệ nơi đây phù hộ, những falCie nhân từ và họ tin rằng những tháng ngày yên bình ấy sẽ kéo dài mãi mãi.
Karigurashi no Arrietty Các gia đình Clock là bốn-inch cao những người sống nặc danh tại nơi cư trú của một gia đình khác, vay các mặt hàng đơn giản để làm cho nhà của họ. Cuộc sống thay đổi cho Đồng hồ khi con gái họ, Arrietty, được phát hiện.
Những vụ ám sát bí ẩn xảy ra khắp thế giới. Kẻ tình nghi là một điệp viên có thể truy cập những tài liệu tuyệt mật. Ở Nhật Bản, một điệp viên đột nhập vào trụ sở cảnh sát và truy cập vào những tài liệu mật liên quan đến các cơ sở của điệp viên trong tổ chức Áo Đen đến từ rất nhiều cơ quan tình báo.
phỏng theo câu chuyện "The Grand Temple of Time Solomon" của tựa game trên điện thoại Fate / Grand Order, là Final Singularity trong phần đầu tiên của trò chơi.