Câu chuyện kể về hai cô gái Escha và Chron, hai người có tính cách tương phản giống như mặt trời và mặt trăng. Hai cô gái đến từ Terminal, một thế giới hậu khải huyền trong tương lai trống rỗng và đơn sắc. Hai cô gái băng qua thế giới và đến ngày nay, họ gọi là Transit
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Một kỹ sư trẻ, Tetsurou Okino, được chuyển đến một công ty tiêu diệt sâu bọ tên là Hato Industries cùng với robot Bullbuster mới do chính anh phát triển. Ở đó, Hato Industries, một công ty nhỏ có ít tiền và chủ tịch Tajima của nó đang chống lại một sinh vật bí ẩn.
Một tay otaku Nhật Bản, yêu thích máy móc đã qua đời trong một vụ tai nạn thương tâm. Linh hồn của anh đã đầu thai tại một thế giới khác, gọi là Ernesti Echevarria. Tuy đã có một cuộc sống mới nhưng Eru vẫn lưu giữ lại mọi kí ức, tính cách, sở thích của mình ở kiếp trước. Thế là anh chàng tận dụng mọi ưu thế của mình để thực hiện mục đích trở thành người điều khiển Silhouette Knight - Con robot khổng lồ tồn tại trong thế giới này.
Một phần bộ phim kể về cậu bé Ayumu bỗng dưng gặp những điều lạ lùng trong kì nghỉ hè của mình tại ngôi làng Tana dân dã – nơi mà lúc nhỏ Ayumu đã từng sống. Tại đây, cậu bé đã gặp một cô gái tên Miku, một người khá là bí ẩn và có vẻ biết rất nhiều điều