Holmes và Watson đến London để tìm người đồng nghiệp cũ của Holmes, Lestrade, người đã bỏ trốn sau khi đe dọa một nghi phạm bằng lựu đạn. Trong khi đó, họ khám phá ra rằng Mycroft, anh trai Sherlock, hiện đang sống tại 221B, địa chỉ cũ của Holmes. Holmes tìm cách làm sáng tỏ nghi ngờ của Lestrade; hai người anh em xa cách cũng dần trở nên thấu hiểu nhau hơn.
Mulder mất tích và được cho rằng đã chết nhưng với bản năng của mình, Scully tin rằng Mulder vẫn sống ở một nơi nào đó khác. Tuy phải hy sinh bản thân mình để kết nối với những điều kỳ lạ, nhưng họ biết mình đang tiến những bước mới trong việc tìm hiểu những điều chưa ai biết.
Trong khi phần 1 là xử lý một vũ khí vi-rút cấp gây chết người của Nga, phần 2 của Thứ Hai đẫm máu được dàn dựng hai năm sau khi một chiếc máy bay mang theo một loại vũ khí hạt nhân đe dọa Tokyo.
Phần 2 của X Files sẽ giới thiệu một số các nhân vật như X - người cung cấp thông tin cho Mulder, Alex Krycek - cộng sự của Mulder sau này trở thành kẻ thù của anh và Bounty Hunter Alien - một sát thủ biến hình.
kể về Cha Young Jin sau khi mất đi người bạn thân nhất của mình trong một vụ án giết người hàng loạt, cô đã quyết định trở thành một thám tử. Sau 19 năm, Cha Jin Young đã biết sự thật về vụ án đó và tìm lại công bằng cho người bạn của mình.