12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
Một thời đại mà vô số các tập đoàn đã xâm nhập vào không gian và xây dựng một hệ thống kinh tế khổng lồ. Một cô gái đơn độc từ hành tinh xa xôi Mercury chuyển đến Trường Công nghệ Asticassia, được điều hành bởi Tập đoàn Beneritt, công ty thống trị ngành công nghiệp đồ di động.
Vào năm 1999, một tàu không gian rơi tại phía nam đảo Ataria đã làm cho nhận loại nận ra mình không đơn độc trong vũ trụ. Mười năm sau con tàu được khôi phục với tên gọi SDF-1 Macross. Tuy nhiên vào ngày cất cánh đầu tiên của con tàu, một chủng tộc ngoài hành tình được gọi là Zentradi chủ nhân của con tàu đã xuất hiện. Chiên tranh vũ trụ lần đầu tiền xảy ra đã làm thay đổi vận mệnh của hai chủng tộc mãi mãi.
Cậu bé Echizen Ryoma từ Mỹ trở về Nhật và được bố cậu, tay vợt nổi tiếng Echizen Nanjiroh cho vào học ở học viện Seishun, hay viết tắt là Seigaku (cũng là nơi mà ông đã từng theo học). Ở đây cậu tham gia vào câu lạc bộ tennis nổi tiếng Seigaku, đội tennis của trường rất mạnh và có nhiều tay vợt tài năng.
Ở thành phố thịnh vượng Russell, một lời tiên tri đe dọa sẽ làm khuấy động thế giới bắt đầu được nổi dậy. Một người đàn ông tên Sword là người đầu tiên nghe được kế hoạch náo động này và anh đã tự dấn thân mình vào cuộc chiến trong bóng tối với mục đích vạch mặt kế hoạch đó.