Ichinomiya Shingo, một thanh niên 25 tuổi, độc thân, nhân viên của một công ty thương mại, đi ngủ trong lúc nghĩ về ngày hôm sau với những công việc bận rộn thường nhật. Tuy nhiên khoảnh khắc cậu thức dậy, xung quanh là một căn phòng lạ lẫm.
Câu chuyện diễn ra trong một thế giới mà nơi các nàng tiên sở hữu và trú ngụ trong các loài động vật, mang đến cho chúng những khả năng bí ẩn. Bằng cách loại bỏ nội tạng của con vật bị chiếm hữu và cấy chúng vào người, các nàng tiên có thể được triệu tập như một bản ngã đã thay đổi và được sử dụng làm vũ khí. Những nàng tiên trở thành công cụ của chiến tranh được gọi là "Chiến binh cổ tích.
Aida Mana là một cô gái luôn hết mình giúp đỡ người khác. Một ngày, khi mà cô thăm Tháp Clover trong chương trình định hướng học đường của cô, một kẻ địch tự xưng là Selfish đột ngột xuất hiện và hắn âm mưu chiếm đoạt trái tim của cô ấy. Để chống lại kẻ địch, Aida đã mượn sức mạnh từ tiểu tiên Sharuru để hóa thân thành Precure
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt. Đối với các quốc gia, sự tồn tại của con người này chính là những vũ khí mạnh mẽ.
Marin và Urin, 2 chị em được gọi là "pure" sống trên biển. Nhưng họ luôn hướng tới 1 thế giới bên ngoài mặt biển, sâu trong đất liền.Một ngày nọ, một chiếc nhẫn rơi xuống giữa lòng biển xanh và Marin, Urin nhặt được nó. 2 người quyết định lần đầu tiên sẽ rời biển để tìm trả lại cho chủ nhân chiếc nhẫn. Sau một cuộc hành trình gian nan, họ đến 1 hòn đảo cô độc và ở đây có 1 cô bé cấp 3 sống.Cuộc gặp gỡ giữa 3 người - 2 miko của Biển và 1 miko của Bầu trời - làm thức tỉnh một sức mạnh tiềm tàng