Một ngày nọ, cô có cuộc gặp gỡ định mệnh với Aoi Amawashi, con gái của chủ một tập đoàn lớn và là một tay chơi golf ưu tú. Cả hai đều là thiên tài, nhưng, họ sống ở những thế giới hoàn toàn khác nhau.
Chuyện về những bé gái được tổ chức bí mật ở Ý đào tạo, trang bị và sử dụng như những sát thủ phần 2.
Okajima Rokuro (aka Rock) đến Đông Nam Á để chuyển phát 1 cái CD mật , anh bị bắt bởi 1 toán cướp biển tên là , Black Lagoon.Dù anh vẫn hy vọng là được giải cứu đã bị công ty đá ra ngoài đường, vì để lộ bí mật chiếc CD. Anh vùng vẫy để tồn tại tưởng chừng trong vô vọng. Cuối cùng anh vứt bỏ lại tất cả trở thành 1 hải tặc của Black Lagoon với biệt danh Rock
Ren Nanahoshi là một sinh viên đại học cô đơn, không giỏi giao tiếp với người khác. Anh nhớ cảm giác hồi hộp khi xem một ban nhạc sống biểu diễn khi anh còn trẻ, và dành phần lớn thời gian để tìm kiếm bản sắc của chính mình. Một ngày nọ, khi hát karaoke một mình, hai cậu bé tên Yuuto và Wataru phát hiện ra khả năng ca hát của Ren.
Valkyria Chronicles is set in a fictitious continent reminiscent of 1930s Europe. The continent, called Europa, is divided into two main powers: The Imperial Empire, a monarchy in the east, and the alliance of democracies called the Federation in the west.