Câu chuyện của game xoay quanh một chàng trai tên Aoba sóng cùng với bà của cậu trên hòn đảo Midorijima. Cậu ta làm việc tại một cửa hàng phế liệu tại khu phố trước đây từng là khu dân cư, sau khi Toue xây dựng khu nghỉ mát Platinum Jail trên danh nghĩa Midorijima và đẩy cư dân ra khỏi hòn đảo.
Lấy bối cảnh vào năm 2029, một sự rạn nứt giữa các chiều đã mở ra, với những kẻ xâm lược chiếm lấy Nhật Bản như chúng ta đã biết. Bây giờ được đặt tên là Genkoku Nippon, công dân của nó đang chịu sự giám sát của Shinkoku Nippon. Mặc dù vậy, một nhóm nhỏ được gọi là Arahabaki chiến đấu để bảo tồn những thứ họ yêu thích bao gồm anime, manga và trò chơi điện tử.
Emma cùng các bạn của mình đang tận hưởng những ngày tháng hạnh phúc ở trại trẻ mồ côi với chỗ ở ấm cúng, thức ăn ngon, những khoảnh khắc cùng nhau vui đùa, những bài kiểm tra khó nhằn và người mẹ (bảo mẫu) dịu dàng. Tuy nhiên, vào 1 đêm nọ, bí mật kinh hoàng đằng sau cuộc sống màu hồng ấy được Emma khám phá ra
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Một nữ sinh tự sát và sau đó Lain nhận được mail từ cô gái đó bảo rằng cô ta vẫn chưa chết, chỉ là đang sống ở một thế giới gọi là Wired, nơi có Chúa ở đó. Một bộ phim ko dành cho những ai muốn thư giãn đầu óc với anime