Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Chuyển thể từ game đi động cùng tên là câu chuyện về một anh chàng tỉnh dậy ở thế giới phép thuật không có ký ức gì và Cuộc phiêu lưu của chàng trai ấy và các nữ pháp sư xinh đẹp bắt đầu.
Một cuộc đại chiến đã nổ ra trong nhiều năm giữa phe Empire và phe Nebulis, thuở là vương quốc của những nữ pháp sư- cho đến khi các hiệp sĩ trẻ tuổi nhận được danh hiệu mạnh nhất từ phe Empire để gặp gỡ công chúa của phe đối thủ
kể về câu chuyện của 13 cô gái, đều có khả năng trở thành hiện thực “Elements” và triệu tập người giám hộ bằng kim loại gọi là “Childs” đã được đưa đến Học viện Fuuka để chiến đấu với những sinh vật bí ẩn được gọi là trẻ mồ côi. Mỗi người một tính cách và nền tảng khác nhau, họ phải quyết định những người mà họ thực sự quan tâm và lý do tại sao họ đánh nhau.
Anh đến từ châu Phi và chiến đấu sát cánh lãnh chúa phong kiến hùng mạnh trong thế kỷ 16 đầy bạo tàn ở Nhật Bản. Họ gọi anh là Samurai đen và anh trở thành huyền thoại.