Ngày xửa ngày xưa ở một nơi nọ có một ma cà rồng tên Vanitas bị người ta căm ghét. Mặc dù ma cà rồng vốn dĩ được sinh ra dưới áng trăng tròn đỏ máu, nhưng không hiểu vì đoản mệnh thế nào mà chỉ mỗi Vanitas lại được sinh ra dưới ánh trăng tròn sắc xanh.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!
Giang Hộ thời đại sơ kỳ, Đảo Nguyên Loạn đã tạo một cuộc rung chuyển Nhật Bản. Và tâm điểm là thành phố Minami Shimabara, tỉnh Nagasaki. Tại đây, Chí Lang cùng Thời Bát gặp lại Thiến, người bạn thuở ấu thơ từ Tokyo về. Rồi xuất hiện Goron và hành trình bắt đầu từ đây.
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm). Mỗi tập phim là một câu chuyện khác nhau kể về hành trình tiêu diệt các Mushi của Ginko, đầy màu sắc huyền bí và ảo ảo
Nam sinh trung học Asano Taiyou sau khi mất đi gia đình mình trong một cuộc tai nạn thảm khốc đã trở nên hướng nội và khép kín với tất cả mọi người trừ cô bạn thuở nhỏ Yozakura Mutsumi.