Câu chuyện xoay quanh "Chronos Rulers", những người chống lại những quỷ ma thời gian xuất hiện khi mọi người muốn họ có thể quay lại thời gian. Chronos Rulers chiến đấu chống lại một cuộc chiến tranh chống lại những con quỷ này.
Khi nam sinh Sora Kashiwagi nhận ra mình đang nhìn chằm chằm một gói hàng quá cỡ được gửi đến cậu ấy từ người cha là "nhà thám hiểm", điều cuối cùng cậu mong đợi là một xác ướp nhỏ đến độ có thể cầm trong tay.
Giang Hộ thời đại sơ kỳ, Đảo Nguyên Loạn đã tạo một cuộc rung chuyển Nhật Bản. Và tâm điểm là thành phố Minami Shimabara, tỉnh Nagasaki. Tại đây, Chí Lang cùng Thời Bát gặp lại Thiến, người bạn thuở ấu thơ từ Tokyo về. Rồi xuất hiện Goron và hành trình bắt đầu từ đây.
Maebara Keiichi chuyển đến sống tại làng Hinamizawa thanh tịnh và nhập học vào một ngôi trường tổng hợp tất cả các khối lớp. Cậu là thành viên nam của một clb toàn nữ. Tưởng chừng như đó là một cuộc sống học đường đầy niềm vui, Keiichi vô tình phát hiện ra một sự thật thần bí bị che đậy bởi bạn bè cậu và ngôi làng. Vụ giết người hàng loạt Hinamizawa.
Hẳn các bạn vẫn chưa quên những số phận bi thương, những bí ẩn còn bỏ ngỏ ở Higurashi no Naku Koro ni. Phần tiếp theo này chính là lời giải đáp cho những trăn trở đó.