Lấy bối cảnh lịch sử thay thế Nhật Bản vào năm 1931 và năm thứ 64 của thời Minh Trị, Mạc phủ Tokugawa không bao giờ bị bãi bỏ và Thiên hoàng Minh Trị không bao giờ được phục hồi quyền lực. Anime sẽ tiếp nối các hoạt động của “Nue”, một tổ chức của các đao phủ Mạc phủ thực thi chính phủ
bộ xương có tên là Honda, bộ xương ấy là nhân viên tại một nhà sách. Câu chuyện kể về cuộc sống hằng ngày và những tình huống "khó đỡ" mà bộ xương phải đối mặt khi bán hàng ở nhà sách.
Set in modern-day Tokyo where dreams and desires are afloat, a group of ninjas called "Toukeshuu" is set to stop the spread of "darkness" that prevails in the world using ancient techniques passed down through generations.
26 năm trước, ở một phòng học năm ba của một trường trung học, có tồn tại một học sinh mang tên Misaki. Với tư cách là một học sinh danh dự, vừa giỏi thể thao lại rất xinh xắn nên rất được bạn bè trong lớp mến mộ. Thế rồi sau cái chết bất ngờ của cô gái xấu số, bạn bè trong lớp quyết định cứ vờ như thể cô ấy vẫn còn hiện diện trong lớp cho đến tận lễ tốt nghiệp. Vào mùa xuân năm 1998, có một cậu bé tên là Sakakibara Kouichi được chuyển qua học đúng phòng học đó, cậu bé bắt đầu cảm thấy nghi ngờ
Câu chuyện tập trung vào nhân vật chính 16 tuổi sau khi được chuyển đến Trung học Shujin ở Tokyo. Ở lại với bạn bè của cha mẹ mình, anh gặp hai bạn học,và biến hình sinh vật giống như con mèo được gọi là Morgana.