Được Thiết lập một thế giới song song với Fate / stay night nơi Chén Thánh huyền bí biến mất khỏi Fuyuki sau Chiến tranh Chén Thánh Third Holy Grail. Sau nhiều năm yên bình, khoảng thời gian Chiến tranh Chén Thánh thứ năm đã xảy ra, Yggdmillennia, một gia đình ma thuật, tuyên bố công khai việc ly khai khỏi hiệp hội Mage và họ đang nắm giữ Chén Thánh
Cha mẹ của Inaba Yuushi đã chết trong năm đầu tiên khi cậu học trung học, và cậu chuyển đến nhà họ hàng. Mặc dù họ quan tâm đến cậu, nhưng cậu luôn nghĩ mình là gánh nặng.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Tại Nhật Bản lúc hiện đại, nơi mà lịch sử chồng chéo mọi thứ với thực tế. Có, bảy "Vua" lớn mạnh cùng tồn tại. Cùng với những người cùng dòng họ chia sẻ quyền lực cho nhau, các vị vua mỗi gia tộc được hình thành. Từ đó các cuộc chiến nổ ra gây nên sự hỗn loạn khắp nơi, Số phận của các vị vua đó sẽ ra sao ? mời bạn đón xem
Vào thời Edo, tại quận Fukagawa thuộc Edo cũ (ngày nay là Kyoto). Vì vùng này thường xuyên xảy ra hỏa hoạn và lũ lụt, cư dân ở đây phải thường xuyên thuê các vật như các lọ, futon và quần áo từ các shop thay vì mua chúng, để không bị cản trở khi chạy mỗi khi có chuyện xảy ra.