ở một thế giới có sự tồn tại của pháp thuật từ rất lâu về trước, nhưng giờ đây, năng lực pháp thuật ấy đã biến mất hoàn toàn. Câu chuyện bắt đầu vào một đêm trăng tròn, khi cô học sinh cao trung Mangetsu Kohinata gặp gỡ Shingetsu Ernesta Fukami – một cô gái trở lại Nhật Bản sau khi định cư ở bên Đức một thời gian.
Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?
Nhân vật nữ chính là Saya- là một trong hai "ma cà rồng" thuần chủng của chủng loài Chiropteran. Cô trở thành một thợ săn của Red Shield- một tổ chức lập ra với mục đích tiêu diệt Diva- em gái song sinh của Saya, kẻ đã tạo ra các Chiropteran khát máu và là mối đe dọa lớn của loài người (Diva muốn dùng máu của mình để biến loài người thành Chiropteran). Saya sử dụng một thanh katana đặc biệt có thể dẫn máu từ tay của Saya để tẩm lên lưỡi kiếm và "thanh tẩy" các Chiropteran bất tử.
Câu chuyện xoay quanh về kinh doanh thẻ game Ange Vierge theo như những gì xảy ra sau khi các cánh cổng “Hairou” đột nhiên mở ra, gộp 3 thế giới lại với nhau. Kết quả là, nhiều bí ẩn “Exceed” quyền hạn được đánh thức ở các bé gái tuổi teen.
Aida Mana là một cô gái luôn hết mình giúp đỡ người khác. Một ngày, khi mà cô thăm Tháp Clover trong chương trình định hướng học đường của cô, một kẻ địch tự xưng là Selfish đột ngột xuất hiện và hắn âm mưu chiếm đoạt trái tim của cô ấy. Để chống lại kẻ địch, Aida đã mượn sức mạnh từ tiểu tiên Sharuru để hóa thân thành Precure