Một phần bộ phim kể về cậu bé Ayumu bỗng dưng gặp những điều lạ lùng trong kì nghỉ hè của mình tại ngôi làng Tana dân dã – nơi mà lúc nhỏ Ayumu đã từng sống. Tại đây, cậu bé đã gặp một cô gái tên Miku, một người khá là bí ẩn và có vẻ biết rất nhiều điều
Tenma, Alone và Sasha là 3 người bạn thân thiết từ thuở ấu thơ. Số phận chia cắt 3 họ ở những độ tuổi khác nhau và cũng chính số phận cho họ hội tụ lại, nhưng giờ không phải dưới danh nghĩ 3 người bạn thời thuơ ấu nữa mà là Thánh Đấu sĩ cung Thiên Mã - Tema, Minh Vương Hades - Alone và Nữ Thần Athena - Shasa.
Trước tình hình những nguồn năng lượng lỗi thời đã trở nên cạn kiệt, nhân loại đã tìm ra một nguồn năng lượng mới để thay thế: một hệ thống năng lượng mặt trời với ba thang máy quỹ đạo. Tuy nhiên chỉ một vài nước lớn và đồng minh của họ hưởng lợi ích từ hệ thống này Ba siêu cường quốc sở hữu ba thang máy quỹ đạo: The Union đặt cơ sở ở Hoa Kỳ; Human Reform League gồm trung Quốc, Nga và Ấn Độ; cuối cùng là Châu Âu AEU. Những siêu cường quốc này tiếp tục cạnh tranh với nhau về giá trị và sự phát
Câu chuyện của light novel tập trung vào phi đội số 666 vào năm 1983, 18 năm trước các sự kiện trong series light novel Muv-Luv Alternative: Total Eclipse. Cả hai đều là phần phụ truyện của visual novel Muv-Luv Alternative do hãng Age phát hành vào năm 2006.
Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.